Nouvelles règles pour les arrêts maladie et temps partiel thérapeutique dans la fonction publique dès septembre 2026 : ce qu'il faut savoir.
Arrêts maladie et temps partiel thérapeutique dans la fonction publique : ce qui change en 2026
Un décret publié le 29 juillet 2026 fait évoluer…Un décret publié le 29 juillet 2026 fait évoluer les règles applicables aux agent·e·s publics en matière de santé au travail. Le temps partiel thérapeutique a déjà changé depuis le 1er août 2026, et de nouvelles règles pour les arrêts de travail entreront en vigueur le 1er septembre 2026. Entre avancées procédurales et points de vigilance, la CFDT Éducation Formation Recherche Publiques Alsace fait le point pour vous.
Temps partiel thérapeutique : des évolutions plutôt favorables aux agent·e·s
Un délai encadré de réponse de l’administration
Jusqu’ici, l’autorisation de TPT prenait effet dès la réception de la demande par l’administration. Depuis le 1er août, cette dernière dispose d’un délai de 30 jours maximum pour accepter ou refuser la demande.
Le cas particulier des sorties de congé longue maladie
Si la demande de TPT intervient à l’issue d’un congé de longue maladie, d’un congé de longue durée, d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis), ou après une disponibilité pour raison de santé, la décision de l’administration doit intervenir au plus tard le jour de la reprise du travail. La même règle s’applique en cas de demande de renouvellement.
Tout refus doit désormais être motivé
Tout refus d’une demande initiale ou d’un renouvellement de TPT, ou toute interruption décidée par l’administration, doit être motivé. N’hésitez pas à nous informer en cas de refus. Nous pourrons étudier ensemble les voies de recours et la meilleure stratégie pour vous.
Fin du renouvellement obligatoire par tranches
Avant le 1er août, l’autorisation de TPT était renouvelée par périodes d’un à trois mois, dans la limite d’un an. Cette contrainte disparaît : l’autorisation reste plafonnée à un an, mais peut désormais être accordée d’un bloc, sans renouvellements intermédiaires obligatoires. Un allègement administratif bienvenu pour les agent·e·s comme pour les services RH.
Arrêts de travail : de nouvelles contraintes à connaître
Le Cerfa sécurisé obligatoire dès le 1er septembre
À compter du 1er septembre 2026, les avis d’arrêt de travail au format papier devront être établis sur un formulaire Cerfa sécurisé, déjà en vigueur dans le secteur privé depuis septembre 2025. L’objectif affiché est de lutter contre la vente de faux arrêts de travail.
Un plafonnement inédit de la durée des arrêts
Un changement qui n’en est pas un : la première prescription d’arrêt maladie ne pourra plus dépasser 31 jours, et chaque prolongation sera plafonnée à 62 jours. Dans les faits, les médecins prescrivaient très rarement des arrêts maladie aussi longs.
De plus, des dérogations resteront possibles, à l’appréciation du prescripteur (médecin traitant, sage-femme…), en fonction de la situation médicale et des recommandations de la Haute Autorité de santé. Ce plafonnement, calqué sur une mesure appliquée au secteur privé, doit être suivi avec attention : il ne doit pas se traduire par une pression accrue sur les agent·e·s en affection de longue durée pour justifier sans cesse la poursuite de leur arrêt.
Maintien de rémunération : attention au changement de prescripteur
Autre point à connaître : en cas de prolongation de l’arrêt initial, la rémunération n’est maintenue que si la prolongation est signée par le prescripteur de l’arrêt initial, le médecin traitant, une sage-femme ou un·e chirurgien·ne-dentiste.
Trois situations permettent toutefois de consulter un autre praticien sans risque, automatiquement : un médecin remplaçant du prescripteur initial ou du médecin traitant, un médecin spécialiste consulté sur orientation du médecin traitant, ou une prolongation délivrée à l’occasion d’une hospitalisation.
En dehors de ces cas, un·e agent·e qui consulte un autre médecin doit justifier d’une impossibilité réelle de consulter son médecin habituel et la jurisprudence est stricte sur ce point : un simple délai de rendez-vous trop long, par exemple en période de forte affluence, n’est pas automatiquement reconnu comme une impossibilité recevable. La charge de la preuve repose sur l’agent·e.
C’est un point de vigilance à ne pas négliger, en particulier en Alsace où l’accès à un médecin traitant reste inégal selon les territoires : un changement de médecin subi, faute de disponibilité, pourrait avoir des conséquences directes sur la paie si l’agent·e ne parvient pas à documenter cette impossibilité.
Contrôle administratif renforcé : ce que risque un·e agent·e en cas de refus
L’employeur pourra faire procéder à un contrôle administratif d’un·e fonctionnaire en congé de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée, y compris en vérifiant sa présence à domicile lorsque la prescription l’impose. En cas de refus du contrôle ou d’absence injustifiée, le versement de la rémunération sera interrompu jusqu’à la fin de l’arrêt. C’est la mesure la plus sensible de cette réforme : elle fait peser une responsabilité importante sur des agent·e·s parfois en grande fragilité, et la CFDT restera vigilante sur ses conditions concrètes d’application. N’hésitez pas à nous contacter si vous avez un tel contrôle !
Ce qui va dans le bon sens
Formation et bilan de compétences pendant un arrêt
Les agent·e·s pourront désormais commencer ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences pendant un congé pour raison de santé, sous réserve d’un avis favorable d’un médecin agréé. Une souplesse utile pour préparer une reconversion ou un retour à l’emploi dans de bonnes conditions.
Télémédecine pour les visites médicales
Depuis le 1er août, les médecins agréés peuvent recourir à la télémédecine pour les examens des agent·e·s en congé maladie ordinaire, longue maladie ou longue durée, dans le respect des règles du Code de la santé publique. Cela peut faciliter les démarches, en particulier dans les zones où l’offre de médecins agréés est limitée.
Attention, certains médecins ne prescrivent pas d’arrêt maladie lors d’une consultation de télémédecine.
Une indemnité d’attente en fin de droits, mais réservée à l’État
Les agent·e·s en attente d’une décision de congé de longue maladie ou de longue durée, et arrivé·e·s en fin de droits de congé maladie ordinaire, bénéficieront désormais d’une indemnité d’attente jusqu’à la décision définitive. Attention : cette disposition ne concerne pour l’instant que la fonction publique de l’État, les personnels territoriaux et hospitaliers en sont exclus, une inégalité de traitement que la CFDT continuera de porter dans les instances.
Un futur dispositif de préparation de la reprise du travail
À partir de 2028, dans la fonction publique d’État et territoriale, tout arrêt de plus de 30 jours pourra donner lieu à une procédure de préparation de la reprise du travail, associant médecin agréé et médecin du travail, avec possibilité pour l’agent·e de se faire assister par une personne de son choix. Un dispositif encore lointain, mais à suivre de près.
Comment la CFDT Éducation Formation Recherche Publiques Alsace vous accompagne
Un droit à être assisté·e en cas de contrôle ou de litige
Face à un contrôle administratif, une suspension de rémunération contestée, ou un refus de temps partiel thérapeutique mal motivé, chaque agent·e a le droit d’être accompagné·e. La CFDT peut vous aider à faire valoir vos droits et, si nécessaire, à contester une décision auprès de votre administration.
Nos conseils pour sécuriser votre arrêt ou votre demande de TPT
- Conservez une trace écrite de toutes vos démarches (date de dépôt de la demande, accusés de réception, échanges avec l’administration).
- Vérifiez que tout refus est bien motivé : c’est désormais une obligation légale pour le TPT, n’hésitez pas à la faire valoir.
- En cas de changement de médecin traitant en cours d’arrêt, anticipez l’impact possible sur le maintien de votre rémunération et rapprochez-vous de votre section CFDT en cas de doute.
- Ne restez pas seul·e face à un contrôle administratif : contactez-nous avant de répondre, en particulier si vous estimez le contrôle abusif ou disproportionné.